Increíblemente rápido, Sonic the Hedgehog se instala en Green Hills, obteniendo muchas más oportunidades y libertad que antes. Por primera vez en mucho tiempo, se las arregla para relajarse y ocuparse de sus asuntos. Al ver que el erizo de la película «Sonic 2 Movies» está bien y que los enemigos ya no lo persiguen, Maddy y Tom toman la difícil decisión de dejar a su amigo en casa mientras ellos se relajan en sus vacaciones. Ni siquiera saben que algo malo está por suceder.
Tan pronto como Tom y Maddie salen de la casa, aparece Robotnik, conocido como Dr. Eggman. No viene solo, sino junto con su nuevo compañero, Knuckles. Juntos van a encontrar una esmeralda que puede destruir y crear civilizaciones enteras.
Al darse cuenta de que si Knuckles y Eggman encuentran la esmeralda, el mundo estará en peligro, el héroe de la película «Sonic 2 in the Movies» recurre a su amigo cercano Tails en busca de ayuda. Acepta acompañar al erizo azul en busca de una esmeralda. El destino de millones depende de su velocidad. ¿Podrán adelantarse a Robotnik y Knuckles?